1 因為FFU大批量布置后，因為其風機數量大，故障機率大。且因FFU布置在吊頂上，維修有一定困難。而集中風系統因設備較為集中，數量也少，易于維護。但這也不完全是缺點：FFU系統正是因為數量眾多而分散，通常少量的FFU出現故障，并不能對潔凈度造成嚴重的破壞。甚至可以在對潔凈度幾乎沒有影響的情況下發現并修復故障單元。
而集中送風系統只要一臺AHU出現故障，就會造成大面積的潔凈室停止運行，對生產的影響很大。在幾乎所有的項目中，冷凍機、空壓機、純水設備、水泵、真空泵搶救無效都可以做到備份，盡量減少設備故障對生活的影響。唯獨空調箱的備份幾乎沒用。
2 FFU的前期投入成本高，其實這不能算是一個缺點，畢竟前期投入成本高，但是后期的維護成本卻又比較低。
3 FFU能耗高，這個現在隨著FFU電機新技術的發展，已經有越來越低能耗的產品來代替了，因此也不存在這種說法。
其實以上說的幾個FFU缺點都在未來能一點點地解決，FFU還是未來最具競爭力的凈化設備。
